Tento web používá soubory cookie. Dalším používáním webu s tímto souhlasíte.
jméno
heslo
přihlásit
zaregistrujte se
zapomněli jste heslo?
Organická syntéza
BORAG
Tento klub slouží k procvičování schopnosti navrhovat jednoduché i pokročilé mnohakrokové organické syntézy. Navrhovatel řešené struktury (tj. jedinec, který úspěšně vyřešil předchozí syntézu) by měl volit látku, se kterou již dříve pracoval, aby byl schopný rozsoudit správné řešení, v případě, že se jich objeví více.

Prosím respektujte následující pravidla:
1. Při navrhování syntéz používejte jako reagenty pouze komerčně dostupné látky.
2. Syntéza by neměla mít více než deset kroků.
3. Navržený sled reakcí vkládejte ve formě obrázků! Slovní popis n-stupňové syntézy nebude nejspíš nikdo číst.
4. Doba na vyřešení struktury je předběžně stanovena na JEDEN TÝDEN - pokud se do té doby nepříjde s vhodným řešením, je navrhovatel povinen zveřejnit správné znění. Dalším navrhovatelem se pak stává osoba, která se k tomuto řešení nejvíce přiblížila.
5. Navrhovatel se může své funkce dobrovolně vzdát ve prospěch jiného diskutujícího.
6. Navržena může být i struktura, kterou plánujete připravit a rádi byste postup zkonzultovali, popř. zjistili i jiné úhly pohledu.
7. Jakékoliv příspěvky mimo téma diskuze budou nemilosrdně mazány.

Přeji příjemnou zábavu!
Máte k tomu co říct? Vložte se do diskuze.
KOCOURMIKES --- 7:50:59 21.7.2018
KOCOURMIKES --- 9:20:03 20.7.2018
Evidence that prototypical SNAr reactions in fact proceed through concerted mechanisms - Jacobsen

Concerted nucleophilic aromatic substitutions

https://www.nature.com/articles/s41557-018-0079-7


The generally accepted mechanism for SNAr reactions involves a two-step addition–elimination sequence via a discrete, non-aromatic Meisenheimer complex. Here we use 12C/13C kinetic isotope effect (KIE) studies and computational analyses to provide evidence that prototypical SNAr reactions in fact proceed through concerted mechanisms.
KOCOURMIKES --- 22:15:27 5.7.2018
Where do recent small molecule clinical development candidates come from?

https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jmedchem.8b00675

Dean G Brown and Jonas Boström
J. Med. Chem., Just Accepted Manuscript
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.8b00675
Publication Date (Web): June 19, 2018
Copyright © 2018 American Chemical Society

KOCOURMIKES --- 7:51:38 1.7.2018
tento rusky zazrak ma byt udajne neco jako penilicin ve virologii - antivirotikum Umifenovir (Arbidol)

[https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b6/Arbidol.svg/300px-Arbidol.svg.png]

rika borec tady na aktualne https://video.aktualne.cz/...tidu-v-rusku-uz-leci-chripku-muze-t/r~b657d47a78c711e886d70cc47ab5f122/

Baloxavir marboxil je novy lek na chripku - Roche FDA Feb 2018 - bere se jednou za den

Baloxavir marboxil - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Baloxavir_marboxil

[https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/6e/Baloxavir_marboxil.svg/300px-Baloxavir_marboxil.svg.png]

Velmi zajimava funkcni prostorova struktura u leciva...

Prikladam .mol2 soubor Baloxaviru z OPSL optimizace/minimizace





KOCOURMIKES --- 7:31:22 1.7.2018
PETER_PAN: diky za info. Takze u vypocteneho spektra Strychninu [GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] se taky otvira kudla v kapse, ze je to tedy spise kontraproduktivni rikas jo.

PETER_PAN: vypada skoro jako cyklicky peptid poskladane z aminokyselin, nasledne chemicky upravene metabolismem jak u alkaloidu - tam jde o to ze tahle antibioticka latka u prokaryot bakterii blokuje kalcium - vaze se na ten iont, jako treba crown, supramolekularka, tipuju.
PETER_PAN --- 23:40:30 30.6.2018
KOCOURMIKES: Jeste poznamka k predikci NMR spekter. Ze vseho co jsem za poslednich 15 let vyzkousel - od pocitani po MestreNovu vychazi stale nejlip plne empiricky-databazovy algoritmus v ChemDraw. To spektrum ktere je ukazane v tvem prispevku je uplne sracka, ten vypocet by mi ani nahodou v nicem nepomohl, vubec - lepsi ho nemit a nebyt pripadne zmaten.
PETER_PAN --- 23:36:28 30.6.2018
KOCOURMIKES: Zajimave je to mnozstvi amidickych vazeb. V tydnu jsem byl na prednasce typka ze Scrippsu a prave hodne povidal ja ve mnoha aktivnich latkach jsou 1,2 bifunkcni motivy .. treba -OH a -NH2 apod. Tady to ma trochu jinou logiku, ale stale tam vidim to "blizke stridani".

Totalka by IMHO sla, prave diky tem castym amidickym vazbam. NMR by IMHO ani nebylo potreba delat. Ty karboxylove funkce by se neutralizovali nejakym vhodnym ligandem a tlacilo by se to do X-RAY.
KOCOURMIKES --- 23:28:06 30.6.2018
Tohle je prvni antibiotikum, objevene novou metodou bez kultivace mikroorganismu (bakterie - v pude, ktere vubec nezname, je jich drtiva vetsina, nedaji se kultivovat) - obsahuji nesmirne bohatou chemickou zasobarnu, a samozrejme antibiotíka na dalsich 150 let, protoze za miliardu let evoluce jsou ty bakterie v zabijeni jinych bakterii borci

Malacidin - 2018

[https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Malacidin.tif/lossless-page1-320px-Malacidin.tif.png]

Malacidin - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Malacidin


Co rikate na totalni syntezu slo by to ?

a vypoctena spektra by s k tomu hodili ne ? :) (lamam usetri cas)

KOCOURMIKES --- 21:51:18 22.6.2018
CHEMIK: ano, nicmene se to vyrazne zlepsilo s uvedenou metodikou 2017. Treba to bude uzitecne.

MRTY: na tom uz nekdo pracoval, machine learning na obrovske databazi namerenych spekter. Nevim jestli to dava lepsi vysledky nez kvantove-mechanicky vypocet na teto posledni metode. Samozrejme teoreticky jde spocitat spektrum dokonale, ale neni to na poradu dne implementovat takovou metodu pro supercomputing, nema to vyznam, kdyz to jde vyresit experimentalne korelovanymi 2D atd experimenty jako NOESY, ROESY, NMR specialiste timhle vyresi cokoliv, ale je to dost drahe treba cca 1500 czk na hodinu a muze trvat nekolik mesicu. Machine learning se pouziva hlavne v bioinformatice, na analyzu DNA/RNA, tam superpocitac dobre vyuzijes, na rozlousknuti "temne hmoty" genomu a ve strukturni bioinformatice, medicinalni pokrok samozrejme.
CHEMIK --- 20:23:14 22.6.2018
KOCOURMIKES: No na rovinu, ta spektra jsou natolik jina, ze namerit je, reknu si, ze ty latky maji jeden, mozna dva stejne strukturni motivy na uplne jinem zakladnim skeletu. Uprimne, clovek ktery ty latky delsi dobu dela, ti z hlavy udela predikci o dost presnejsi