Tento web používá soubory cookie. Dalším používáním webu s tímto souhlasíte.
jméno
heslo
přihlásit
zaregistrujte se
zapomněli jste heslo?
Organická syntéza
BORAG
Tento klub slouží k procvičování schopnosti navrhovat jednoduché i pokročilé mnohakrokové organické syntézy. Navrhovatel řešené struktury (tj. jedinec, který úspěšně vyřešil předchozí syntézu) by měl volit látku, se kterou již dříve pracoval, aby byl schopný rozsoudit správné řešení, v případě, že se jich objeví více.

Prosím respektujte následující pravidla:
1. Při navrhování syntéz používejte jako reagenty pouze komerčně dostupné látky.
2. Syntéza by neměla mít více než deset kroků.
3. Navržený sled reakcí vkládejte ve formě obrázků! Slovní popis n-stupňové syntézy nebude nejspíš nikdo číst.
4. Doba na vyřešení struktury je předběžně stanovena na JEDEN TÝDEN - pokud se do té doby nepříjde s vhodným řešením, je navrhovatel povinen zveřejnit správné znění. Dalším navrhovatelem se pak stává osoba, která se k tomuto řešení nejvíce přiblížila.
5. Navrhovatel se může své funkce dobrovolně vzdát ve prospěch jiného diskutujícího.
6. Navržena může být i struktura, kterou plánujete připravit a rádi byste postup zkonzultovali, popř. zjistili i jiné úhly pohledu.
7. Jakékoliv příspěvky mimo téma diskuze budou nemilosrdně mazány.

Přeji příjemnou zábavu!
Máte k tomu co říct? Vložte se do diskuze.
KOCOURMIKES --- 23:28:06 30.6.2018
Tohle je prvni antibiotikum, objevene novou metodou bez kultivace mikroorganismu (bakterie - v pude, ktere vubec nezname, je jich drtiva vetsina, nedaji se kultivovat) - obsahuji nesmirne bohatou chemickou zasobarnu, a samozrejme antibiotíka na dalsich 150 let, protoze za miliardu let evoluce jsou ty bakterie v zabijeni jinych bakterii borci

Malacidin - 2018

[https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Malacidin.tif/lossless-page1-320px-Malacidin.tif.png]

Malacidin - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Malacidin


Co rikate na totalni syntezu slo by to ?

a vypoctena spektra by s k tomu hodili ne ? :) (lamam usetri cas)

KOCOURMIKES --- 21:51:18 22.6.2018
CHEMIK: ano, nicmene se to vyrazne zlepsilo s uvedenou metodikou 2017. Treba to bude uzitecne.

MRTY: na tom uz nekdo pracoval, machine learning na obrovske databazi namerenych spekter. Nevim jestli to dava lepsi vysledky nez kvantove-mechanicky vypocet na teto posledni metode. Samozrejme teoreticky jde spocitat spektrum dokonale, ale neni to na poradu dne implementovat takovou metodu pro supercomputing, nema to vyznam, kdyz to jde vyresit experimentalne korelovanymi 2D atd experimenty jako NOESY, ROESY, NMR specialiste timhle vyresi cokoliv, ale je to dost drahe treba cca 1500 czk na hodinu a muze trvat nekolik mesicu. Machine learning se pouziva hlavne v bioinformatice, na analyzu DNA/RNA, tam superpocitac dobre vyuzijes, na rozlousknuti "temne hmoty" genomu a ve strukturni bioinformatice, medicinalni pokrok samozrejme.
CHEMIK --- 20:23:14 22.6.2018
KOCOURMIKES: No na rovinu, ta spektra jsou natolik jina, ze namerit je, reknu si, ze ty latky maji jeden, mozna dva stejne strukturni motivy na uplne jinem zakladnim skeletu. Uprimne, clovek ktery ty latky delsi dobu dela, ti z hlavy udela predikci o dost presnejsi
MRTY --- 19:39:49 22.6.2018
KOCOURMIKES: divim se, ze na predikci MNR spekter jeste nikdo nezkusil nasadit machine learning. by prece muselo fungovat. ale mozna je to jen muj amatersky pohled na vec...
KOCOURMIKES --- 18:00:10 22.6.2018
CHEMIK: NMR neslo donedavna pocitat prakticky vubec tak, aby to mohlo byt uzitecne pro porovnavani a reseni spekter, od roku 2017 je to dost dobre mozne s [GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] :]
BORAG: muzu spocitat nebo napsat autorovi, zda to zvladne metoda - dik za tip. bylo pocitano na 20-30 let stare metode zeano, kde nerozlisilo singlet vs. multiplet.
KOCOURMIKES --- 16:19:48 22.6.2018
abych upresnil, tahle nova metoda treba na 500-1000 atomu - v pohode a velmi rychle spocita NMR - priklad molekuly typu modifikovany taxol nebo kofaktor vitamin B12 - a takove porovnavaci spektrum se muze velmi hodit /da se to interaktivne porovnavat oznacene atomy ve vypoctu s vypocitanym a namerenym spektrem, a tak dolustit + clovek vi kde tam metoda ma svoje meze/, treba pri NMR identifikaci neznamych a slozitych prirodnich latek. spis teda pro NMR specialisty co u toho sedi. 500 atomu je spocitane asi za hodinu dve, tisice atomu trochu dele. je to - semiempiricky tight-binding s korekcemi + cosmo-rs.
KOCOURMIKES --- 15:56:54 22.6.2018
lepsi priklad: Strychnin - tohle je vyrazny pokrok, ale joo

[GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] - metoda 2017


/ pred 10-15 let notoricky neslo pocitat NMR vubec, GIAO atd. co bylo v Gaussianu atd. BYLO o nicem, tohle uz ma prakticky vyznam

nevim co je za posledni metody v DALTONu, coz je spektroskopicky vypocetni kod, ktery pouzivaji organicti syntetici na prakticke orientacni porovnavaci vypocty spekter - hlavne teda UV, NMR tam zrejme neni vubec

2017 NMR clanek je tady

Fully Automated Quantum-Chemistry-Based Computation of Spin-Spin-Coupled Nuclear Magnetic Resonance Spectra. - PubMed - NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28906074

[//i.nyx.cz/files/00/00/18/62/1862244_407e43e5fff4f2606494.png?name=obrazek.png]
BORAG --- 11:18:51 22.6.2018
CHEMIK: to chápu a soucítím :-)
CHEMIK --- 11:15:45 22.6.2018
BORAG: No, mne staci me triterpeny :)
BORAG --- 11:04:52 22.6.2018
CHEMIK: no a to buď rád, že nepracuješ s malými cykly jako bicyklo[1.1.1]pentany nebo bicyklo[2.2.2]oktany, tam už výpočty nesedí ale vůbec (ty první jsou experimentálně singlety, zatímco výpočet ukazuje komplexní multiplety...)